El 19 de octubre de 1875 salió publicado en el Diario Oficial del estado la iniciativa dirigida a la H. legislatura proponiendo el establecimiento de una Escuela Normal. El 25 de octubre el gobernador del estado Joaquín Baranda expidió el decreto de creación de una escuela Normal de Profesores de Instrucción Primaria. Siendo inaugurada el 7 de agosto de 1878 durante la administración del licenciado Marcelino Castilla.
En virtud del decreto del 11 de noviembre de 1904, fue creada la Academia Normal de Profesores, decreto que fue reglamentado el 20 de diciembre del mismo año. La academia fue inaugurada el 2 de enero de 1905.
Mediante el decreto número 76, de fecha 24 de febrero de 1925, siendo gobernador del Estado el señor Ángel Castillo Lanz, se reformaron las disposiciones de la Ley de Enseñanza Normal y su reglamento; en virtud de él, la escuela fue incorporada al Instituto Campechano a partir del 25 de febrero de 1925.
El 10 de septiembre de 1991, el Consejo General del Instituto Campechano acordó denominarla Escuela Normal de Educación Primaria “Profra. Pilar Elena Flores Acuña”, en reconocimiento a la trayectoria de la Profra. María del Pilar Elena Flores Acuña, egresada de la Escuela Normal de Profesores, docente por más de cuatro décadas, Directora interina de 1959-1965 y Oficial de 1965-1990.
El 17 de diciembre del año 2009, la LX Legislatura del Congreso del Estado de Campeche, siendo gobernador el Lic. Fernando Eutemio Ortega Bernés, mediante el decreto Número 35 declara Benemérita del Estado a la Escuela Normal “Profa. Pilar Elena Flores Acuña” del Instituto Campechano, mismo que entró en vigor el 2 de febrero del año 2010.